แม้ในยุคการขยายอำนาจจักรวรรดิโดยเฉพาะในรัชสมัยของพระเจ้าโมโมและพระเจ้าตูอิตาตูอิ จักรวรรดิตูอีโตงามีความเจริญรุ่งเรืองสูงมาก อย่างไรก็ตามในปี ค.ศ. 1535 ชาวต่างชาติ 2 คนลอบปลงพระชนม์พระเจ้าตากาลาอัวขณะที่กำลังว่ายน้ำอยู่ในลากูนของเมืองมูอา พระมหากษัตริย์องค์ต่อมาคือพระเจ้าเกาอูลูโฟนูอาเฟไกที่ 1ได้พยายามไล่ล่าสังหารชาวต่างชาติ 2 คนที่ลอบปลงพระชนม์พระเจ้าตากาลาอัว จนสามารถตามไปสังหารได้สำเร็จในเส้นทางไปหมู่เกาะฟูตูนา[9] เนื่องจากเกิดเหตุการลอบปลงพระชนม์ตูอีโตงาลายครั้ง ส่งผลให้พระเจ้าเกาอูลูโฟนูอาเฟไกที่ 1ได้สถาปนาราชวงศ์ใหม่คือตูอิฮาอะตากาลาอัวเพื่อเป็นเกียรติแด่พระราชบิดาของพระองค์ และพระองค์ได้สถาปนาพระอนุชาของพระองค์คือเจ้าชายโมอูงาโมตูขึ้นดำรงพระอิสริยยศเป็นตูอิฮาอะตากาลาอัวพระองค์แรก พระมหากษัตริย์ในราชวงศ์ใหม่นี้มีพระราชอำนาจในการบริหารกิจการประจำวันของจักรวรรดิ ในขณะที่ตูอีโตงาเปลี่ยนสถานะใหม่เป็นผู้นำทางจิตวิญญาณของชาติ อย่างไรก็ตามตูอีโตงายังคงมีพระราชอำนาจในการสั่งลงโทษประหารชีวิตหรือไว้ชีวิตบุคคลใดก็ได้ จักรวรรดิตูอีโตงาในช่วงเวลานี้มีอิทธิพลของซามัวปรากฏอยู่ จากการที่ตูอีโตงามีเชื้อสายซามัว ซึ่งเกิดจากการอภิเษกสมรสกับผู้หญิงชาวซามัว รวมถึงยังเลือกที่จะอาศัยอยู่ในซามัวอีกด้วย[10] พระราชมารดาของพระเจ้าเกาอูลูโฟนูอาเป็นชาวซามัวจากเกาะมานูอา[11] ในขณะที่พระเจ้าเกาอูลูโฟอูนาที่ 2และพระเจ้าปุยปุยฟาตูเป็นลูกครึ่งซามัว-ตองงา พระมหากษัตริย์ที่สืบทอดตำแหน่งตูอีโตงาจากพระองค์อย่างพระเจ้าวากาฟูฮู พระเจ้าตาปูโอซีและพระเจ้าอูลูอากิมาตามีเชื้อสายซามัวมากยิ่งขึ้น โดยมีเชื้อสายของชาวซามัวมากกว่าชาวตองงา[12]

ในปี ค.ศ. 1610 ตูอิฮาอะตากาลาอัวพระองค์ที่ 6 พระเจ้าโมอูงาโตงาได้สถาปนาตำแหน่งใหม่คือตูอิกาโนกูโปลูสำหรับพระราชโอรสลูกครึ่งซามัวของพระองค์คือเจ้าชายงาตา โดยแบ่งอำนาจการปกครองบริเวณต่างๆ แต่เมื่อเวลาผ่านไปตูออิกาโนกูโปลูกลับมีอำนาจเหนือดินแดนตองงามากยิ่งขึ้น เมื่อราชวงศ์ตูอิกาโนกูโปลูมีอำนาจมากได้นำนโยบายการปกครอง ตำแหน่งและสถาบันแบบซามัวเข้ามาในจักรวรรดิตูอีโตงา และกลายมาเป็นรูปแบบการปกครองซึ่งสืบต่อมาจนถึงสมัยราชอาณาจักรตองงา[13] ทุกสิ่งทุกอย่างได้ดำเนินมาเช่นนี้เรื่อยๆ ในปี ค.ศ. 1616 นักสำรวจชาวดัตช์ วิลเลม ชูเตนและยาคอบ เลแมร์สังเกตเห็นเรือแคนูของชาวตองงานอกชายฝั่งเกาะนีอูอาโตปูตาปู และนักสำรวจที่มีชื่อเสียงอย่าง แอเบล แทสมันก็ได้เข้ามาสำรวจในระยะเวลาต่อมา ซึ่งการเข้ามาสำรวจของนักชาวยุโรปในระยะนี้ไม่ก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงใดๆของจักรวรรดิมากนัก อย่างไรก็ตามการสำรวจครั้งสำคัญครั้งหนึ่งที่ก่อให้เกิดผลกระทบอย่างมากต่อจักรวรรดิตูอีโตงาโดยตรงคือการเข้ามาสำรวจของเจมส์ คุก ในปี ค.ศ. 1773 ค.ศ. 1774 และ ค.ศ. 1777 ก่อให้เกิดการเข้ามาในจักรวรรดิของมิชชันนารีลอนดอนในปี ค.ศ. 1797 ซึ่งเข้ามาเผยแพ่ศาสนาคริสต์ให้แก่ชาวพื้นเมือง